তবে এই সম্মেলনের বৈধতা নিয়ে প্রশ্ন তুলেছেন প্রয়াত আল্লামা আহমদ শফীর ছেলে আনাস মাদানীর সমর্থকরা। তারা বলছেন, সম্মেলনের পুরো প্রক্রিয়াটিই অবৈধ। তাদের সম্মেলনে আমন্ত্রণ জানানো হয়নি বলেও জানিয়েছিলেন তারা।
আল্লামা জুনায়েদ বাবুনগরী প্রতিষ্ঠাকালীন সময় থেকেই হেফাজতের মহাসচিব হিসেবে দায়িত্ব পালন করে আসছিলেন। শাপলা চত্ত্বরের ঘটনার পর তাকে গ্রেপ্তার করা হয়েছিল। সেসময় তাকে দীর্ঘ দিন রিমান্ডে নিয়ে জিজ্ঞাসাবাদ করা হয়। পরে অসুস্থ হয়ে পড়লে জামিনে মুক্তি পান তিনি।
এক পর্যায়ে নানা ইস্যুতে হেফাজতের আমীর আল্লামা আহমদ শফীর সঙ্গে তার দূরত্ব তৈরি হয়। বিশেষকরে আল্লামা শফীর ছেলে আনাস মাদানী ছিলেন এই মতবিরোধের কেন্দ্রে। অন্যদিকে, মাওলানা নূর হোসাইন কাসেমী এতোদিন হেফাজতের ঢাকা মহানগর শাখার আমীর হিসেবে দায়িত্ব পালন করছিলেন।
